Da Japan ein Inselstaat ist, sind zahlreiche Städte mit Fährverbindungen verbunden. Zusätzlich gibt es in den Erholungsorten am Meer und an den Seen im Landesinneren Ausflugs- Tragflächen- und Hovercraft-Boote. Von Tokyo, Osaka und Kobe gibt es Fährverbindungen zu den Häfen in Hokkaido und Kyushu.

Internationale Schiffsverbindungen bestehen zwischen Japan und Shanghai, Wladiwostok, Taiwan und Süd-Korea.

Schiffsverbindungen zwischen Japan und Korea