Sumo,

Du als temporary visitor ( ausländischer Tourist ) kannst Dir die stark verbilligte N'Ex Suica card nach Ankunft in Narita kaufen. Dir empfehle ich sogar die ganz neue round trip Version zu Yen 5500. Dafür bekommst Du die Fahrt von Narita Airport nach Shinjuku, eine Suica Card mit Yen 1500 und einem deposit Yen 500, also insgesamt Yen 2000, die Du für Fahrten mit allen ( nicht nur JR ) öffentlichen Verkehrsmitteln in Tokyo benutzen kannst. Wenn Guthaben aufgebraucht kannst Du an Schaltern Yen nachladen. Sowie am letzten Tag ( da gilt ja Dein JR Pass nicht mehr ) die Rückfahrt mit dem Narita Express zum Flughafen.
Du brauchst dann keine 2 Tage Tokyo Metro Karte.
Die preislich günstigste Verbindung, aber zeitlich doppelt so lang, von Narita Flughafen nach Shinjuku wäre:
Mit der privaten Keisei Linie und mit deren langsamen local train zu Yen 1000 vom Flughafen bis Nippori, da umsteigen auf die JR Yamanote line zu Yen 190 bis Shinjuku. Achtung der neue Express Zug der Keisei ist wesentlich teuerer.
Die N'Ex Suica Card erhälst Du an den JR Schaltern im Flughafen, einfach Ausschilderung JR folgen und dann auf englischsprachige Hinweise zur N'Ex Suica achten.
Kennst Du das Video der JNTO Arrival in Tokyo ( English )? Das erklärt vieles zum ersten Tag in Tokyo: http://www.youtube.com/watch?v=-pb8Eia58Lw&feature=related

meint Odaiba